Présentée au Salon de Genève en mars 2002, la deuxième génération du Coupé CLK (série C209) était une voiture très appréciée pour la pureté de ses lignes et son contenu technique. La gamme de versions était très large, avec des moteurs 4, 5, 6 et 8 cylindres, essence ou turbodiesel. La version standard la plus puissante était la CLK500 avec un moteur V8 de 388 chevaux. Des versions AMG ont également été ajoutées à la gamme, avec des moteurs V8 d'une puissance maximale de 481 ch. En 2005, la gamme C209 a subi un restylage et la voiture est sortie de la production en 2010, lors du lancement de la Classe E Coupé.