Dopo il successo del primo modello, la Skoda Fabia di seconda generazione fu presentata nel maggio 2007. La linea si caratterizzava per forme arrotondate. Alla gamma si aggiunse la versione break (Combi) nel gennaio del 2008. Un restyling venne condotto nell'aprile del 2010. Riprendendo elementi tecnici della produzione Volkswagen meno recente, la Fabia 2 non era certo una vettura sofisticata, ma era quella che probabilmente offriva il miglior rapporto prezzo-prestazioni. Le motorizzazioni erano molto varie e andavano dal piccolo 1200cc benzina da 69 cavalli alla potente unità da 180 che equipaggiava la RS. La Fabia 2 uscì di produzione nel 2014.